在轨道交通方面，上海市对崇明区给予了充分照顾：崇明线至长兴岛和崇明岛可同时通车，崇明区整个东部地区可纳入整个上海快速轨道交通系统。
崇明岛虽然在上海来说很特别，但在轨道交通建设方面，其便利性显然比金山区好，而且实际上并不比奉贤区差。
上海轨道交通崇明线虽然只有8个车站，但走向却非常合理。 设上海市中心内3站、浦东外环线外1站、长兴岛1站、崇明岛3站。
崇明线建设期间，虽然长兴岛以南地区将首先开工长兴到上海，但崇明岛东部也将同步通车。 这个建设的节奏也非常紧凑。
长兴岛是崇明区距离上海市区最近的地方，也是崇明区工业最发达的地方。 这个地方有轨道交通显然是理所当然的事情。
毕竟长兴岛和崇明岛是两个岛屿，长兴岛后来才划入崇明区（县）。 如果只到长兴岛就说轨道交通到达崇明区，这其实有点“文字游戏”。
上海轨道交通崇明线不仅通往长兴岛，还通往崇明岛东部。 这是上海对崇明区的充分照顾，也从城市层面给予崇明区最大的偏向。
客观地讲长兴到上海，上海内地还有很多地方比崇明岛东部地区对轨道交通的需求更为迫切。 不过，上海首次建设通往崇明岛的轨道交通也具有划时代的意义：轨道交通不仅要通崇明区还要通崇明岛。
